V květnu 1980 začal otec Jiří Popieluszko sloužit ve farním kostele sv. Stanislava Kostky, kde vedl společenství pro středně zdravotnický personál. Od srpna pak působil mezi dělníky z ocelárny, pro které 31. 8. sloužil první mši svatou. Konal s nimi pak pravidelná setkání. Založil pro dělníky různých oborů jistý druh vzdělávání, které se týkalo základních pojmů polské literatury, historie, církve, společenských věd, práva, ekonomie i techniky vyjednávání.

V říjnu 1981 byl jmenován diecézním vedoucím společenství z lékařských kruhů i kaplanem v domě na Elekcyjna Street. Zde zřídil kapli pro ubytované zdravotníky.

Na konci února 1982 sloužil v kostele sv. Stanislava Kostky mši svatou za vlast. Jeho kázání vysílala Svobodná Evropa a tak se celé Polsko rychle dozvědělo o jeho nekompromisním postoji vůči komunistickému režimu. Ten se ho snažil zastrašit a když to nepomohlo, bylo v roce 1983 připraveno falešné obvinění a byl zatčen. Zásahem duchovenstva i díky amnestii, byl brzy propuštěn.

V jednom kázání řekl: „Křesťanovi nemůže stačit, že jenom odsoudí zlo, lež, zbabělost, násilí, útisk a nenávist, nýbrž musí být také autentickým svědkem, nositelem a hlasatelem spravedlnosti, dobra, pravdy, svobody a lásky.“

V září 1983 otec Jiří uspořádal pouť dělníků na Jasnou Goru. Pro svou činnost se otec Jiří stal terčem hrubých útoků ze strany státních orgánů. Byl mu vykraden byt a rovněž mu někdo do něj vhodil výbušninu. V roce 1984 byl od ledna do července 13krát (!) vyslýchán.

Na 13. října 1984 byl na něj připraven plán simulované autonehody na cestě z Gdaňsku do Varšavy. Pokus připravit otce Jiřího Popieluszka o život tím, že na jeho auto spustili lavinu kamení, ale nevyšel.

O šest dnů později příslušníci komunistické tajné policie (Służba Bezpieczeństwa) v uniformách dopravních policistů na cestě do Toruně u Górsk zastavili auto, řízené Waldemarem Chrostowskim, který vezl otce Jiřího z Bydhoště (Bydgoszcz). Řidiče přinutili k odevzdání klíčku od auta a k nastoupení do jejich Fiata 125. Do kufru tohoto vozu vhodili spoutaného o. Jiřího Popieluszka. Řidič Chrostowski potom za jízdy vyskočil, čímž si zřejmě zachránil život. Poslední hodiny o. Jiřího Popieluszka byly později na základě výslechů a pitvy popisovány takto:

Únosci s ním zastavili na okraji Toruń u lesa poblíž hotelu Kosmos, kde ho bili tak silně, že omdlel. V bezvědomí ho hodili zpět do kufru a jeli s ním ve směru na Włocławek. Poté co se kněz začal v kufru ozývat, zastavili na vedlejší silnici a znovu jej bili. Zřejmě pro svou oběť nešetřili ranami. Důkladněji o. Jiřímu svázaly ruce i nohy. Roubíkem mu ztížili dýchání a kolem hlavy dvakrát omotali 5 cm širokou pásku. Na další zastávce, poblíž Włocławek, upravili smyčku kolem krku kněze a za jeho zády přivázali lano k pokrčeným nohám, k nimž přivázali pytel s asi 11 kg kamení. S narovnáváním nohou se smyčka utahovala. Nakonec tělo mučedníka vhodili do vody, aniž se přesvědčili, zda je ještě živý nebo mrtvý.

Ve večerních zprávách se 20. října objevila informace, že otec Jiří Popieluszko byl unesen. V kostelích se věřící modlili deset dnů za jeho záchranu, až do zveřejnění zprávy, že jeho mrtvé tělo bylo objeveno v nádrži na řece Visle. Po převezení do kostela sv. Stanislava Kostky ve Varšavě se 3. 11. konal pohřeb, k němuž se shromáždilo několik set tisíc Poláků. Mši sv. sloužil kardinál Józef Glemp, přítomno bylo dalších 6 biskupů a přes tisíc kněží.

Případ umučení známého a oblíbeného kněze nebylo možné utajit. Zřejmě obava z masových nepokojů přiměla vedení ministerstva a šéfa polských komunistů Wojciecha Jaruzelského k soudnímu procesu s udávanými vrahy, který začal 27. 12. a skončil veřejným odsuzujícím verdiktem 2. 2. 1985 u Krajského souduv Toruni. Ten, kdo dal k vraždě příkaz, však odhalen nebyl. Mnoho lidí bylo přesvědčeno, že šlo o tehdejšího náměstka ministra vnitra W. C. Všichni odsouzení byli nakonec z vězení propuštěni před vypršením trestu.

P. Jiří Popiełuszko byl blahořečen 6. 6. 2010 ve Varšavě za účasti více než 150 tisíc lidí. Mezi přítomnými byl i náš pozdější kardinál arcibiskup Dominik Duka, jenž prohlásil: „Kněze Jiřího Popiełuszka chápu jako symbol kněží 20. století, kteří bránili víru a lidskou důstojnost v čase diktatur totalitních systémů, nacistických či komunistických.“

Beatifikační liturgii sloužil arcibiskup Angelo Amato, který při ní řekl: „Jiří byl jednoduše věrným katolickým knězem, který bránil svou důstojnost služebníka Kristova a církve a svobodu všech, kteří byli stejně jako on ponižovaní a utiskovaní. Avšak pojmy náboženství, evangelium, důstojnost lidské osoby, svoboda člověka nebyly v souladu s marxistickou ideologií.“ ...“Oběť mladého kněze ale nebyla porážkou. Jeho vrazi nemohli zabít Pravdu. Tragická smrt našeho mučedníka, se ve skutečnosti stala počátkem všeobecné konverze srdcí k evangeliu. Smrt mučedníků je totiž semenem nových křesťanů.“

Zpracováno podle  serveru SVĚTCI K NÁM HOVOŘÍ ...